Pada tanggal 5 Mei 1998 terdapat pertemuan para ahli hidrologi termasuk didalamnya Dr. Adhi Suyanto, Prof. Dr. Hidayat Pawitan dan pendiri MHI lainnya. Menindaklanjuti pertemuan tersebut dilakukan Seminar Hidrologi serta Launching Rencana Pembentukan MHI pada tanggal 13 Mei 1998 di IPB (Institut Pertanian Bogor). Organisasi MHI (Masyarakat Hidrologi Indonesia) dibentuk pada tanggal 7 Juli 1998 bersamaan dengan pertemuan yang dilakukan oleh para pendiri yang terdiri atas:

  1. Bapak Dr. Adhi Suyanto (LPMA)
  2. Ibu Sri Murni (LPMA)
  3. Ibu Indraswari (UI)
  4. Bapak Rimantojo (ITB)
  5. Bapak Mardjono (Ditjen. Pengairan)
  6. Bapak Marsudi (BMG)
  7. Bapak Yusron Lubis (DPMA)
  8. Bapak Peter Hehanusa (LIPI)

Pertemuan tersebut selanjutnya ditetapkan sebagai Kongres Masyarakat Hidrologi Indonesia Pertama yang menetapkan bahwa Bapak Dr. Adhi Suyanto menjadi Ketua Umum Periode Tahun 1999 – 2005. Kepengurusan ini telah berhasil membangun dasar-dasar organisasi sebagai berikut:

  1. Menyusun dan menetapkan AD (anggaran dasar)/ ART (anggaran rumah tangga);
  2. Menyelenggarakan sayembara pembuatan Logo MHI sampai dengan menetapkannya seperti Logo pada saat ini; dan
  3. Melakukan konsolidasi anggota yang berasal dari berbagai instansi.

Pada akhir kepengurusan Dr. Adhi Suyanto pada Tahun 2005 dilakukan Kongres Masyarakat Hidrologi Indonesia Kedua yang menetapkan Bapak Ir. Eddy A. Djajadiredja, Dipl. HE. menjadi Ketua Umum MHI Periode Tahun 2006 – 2013. Pada masa kepengurusan ini dilakukan pengembangan Bidang Hidrologi diantaranya yaitu:

  1. Pengembangan konsep kolaborasi data dari berbagai sumber;
  2. Peningkatan kompetensi anggota; dan
  3. Tetap melakukan konsolidasi anggota untuk memperkuat pondasi keilmuan.

Pada Tahun 2013 diselenggarakan Kongres Masyarakat Hidrologi Indonesia Ketiga dan menetapkan Bapak Dr. Ir. Muhammad Hasan, Dipl, HE. sebagai Ketua Umum Periode Tahun 2013 – 2020. Pada periode ini didapat capaian yang mendorong keilmuan hidrologi menjadi salah satu pondasi pengembangan infrastruktur ke-PU-an, diantaranya yaitu:

  1. Menerapkan konsep pengembangan hidrologi berbasis inovasi;
  2. Memperkuat kerjasama dengan organisasi hidrologi luar negeri;
  3. Pengembangan knowledge management dalam peningkatan kompetensi anggota.

Pada Tanggal 22 Desember 2020 diselenggarakan Kongres Masyarakat Hidrologi Indonesia Keempat dan pada tanggal 22 Desember 2020, Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat, Dr. Mochamad Basuki Hadimuljono menetapkan Ir. Yudha Mediawan, M.Dev. Plg. sebagai Ketua Umum dan Prof. Dr. Ir. Eko Winar Irianto, MT. sebagai Sekretaris Jenderal Periode Tahun 2020 – 2022. Kepengurusan ini didukung 11 kementerian/lembaga sebagai pelindung, 8 pejabat tinggi madya dan 5 orang pendiri/mantan ketua umum sebagai penasehat, dan 26 Dewan Pakar.

MHI